随着人口增长、收入水平提升、新型城镇化推进，我国畜牧业如今已发展成为一个大产业，但供求矛盾突出、养殖收益下降、发展方式粗放、生态环境恶化等也成为制约畜牧业发展的难点。当前我国以传统畜牧业为主，正在向生态环境友好型的现代畜牧业转变。
去年6月，农业部召开的全国现代畜牧业建设工作会议明确提出，要着力转变粗放的畜禽养殖方式，推广和普及先进适用的饲养管理技术。中国农业大学教授刘继军认为，现代畜牧业有三项主要衡量标准，一是饲料转化率要高;二是科技应用，需要具备较高的劳动生产率与适度的饲养规模;三是取得经济效益，资金的利润率和周转率高。“想要用科技改造传统的畜牧业，提高科技贡献率，提高单产就是一个解决途径。”
在刘继军看来， “解决措施可以从政府相关部门转变职能和重点投资配置资源这两方面着手。”政府需要制定、完善相关的法律法规，同时通过大学和科研单位进行科技推广;除此之外，鼓励龙头企业和农户紧密结合，建立循环经济、生态农业的可持续发展，产学研结合，发挥综合效益。
畜禽生态养殖也正在我国逐步推广。刘继军认为，生态畜牧业，要求生态平衡，同时，提高环境自净污染的能力，农牧良性循环就是避免环境污染的发展方向。他表示，环境承载力和畜牧业的布局需要相互统一。以北京为例，2005年北京畜禽产生的粪便量696万吨，折算产氮量5.88万吨，可收集氮量5万吨，即85%可收集。对此，北京畜牧业发展呈由近郊向远郊、山区发展的趋势，发展生态畜牧业，促进农牧良性循环，制定相关粪污处理和应用的法规，力争零排放，鼓励粪便深加工有机肥外销。
除此之外，刘继军认为粪污处理有几个关键环节需要把握：养殖场可采取机械喂料和机械清粪(刮粪板)的方式，液粪用配罐车贮存运输，通过中大型沼气池制沼气发电，固体粪便可以堆肥腐熟，用于牧草栽培。